甲氨蝶呤具有廣譜抗腫瘤活性，可單獨應用或與其它化療藥物聯合使用。具體適應癥如下：

1.抗腫瘤治療，單獨使用：乳腺癌，妊娠性絨毛膜癌，惡性葡萄胎或葡萄胎。

2.抗腫瘤治療，聯合使用：急性白血病(特別是急性淋巴細胞性白血病或急性髓細胞性白血病)，Burkitts淋巴瘤，晚期淋巴肉瘤(III和IV期，Peter氏階段系統)和晚期蕈樣霉菌病。

3.鞘內注射：治療中樞神經系統轉移癌(只能使用等滲制劑)。

4.大劑量治療：大劑量甲氨蝶呤單獨應用或與其它化療藥物聯合應用治療下列腫瘤：成骨肉瘤、急性白血病、支氣管肺癌或頭頸部上皮癌。大劑量甲氨蝶呤應用時, 必須應用亞葉酸進行解救。亞葉酸是四氫葉酸酯的衍生物，可與甲氨蝶呤競爭進入細胞內。這種“亞葉酸解救”可在大劑量甲氨蝶呤應用時保護正常組織細胞免受損害。

5.銀屑病化療：甲氨蝶呤可用于治療嚴重、已鈣化性、對常規療法不敏感的致殘性銀屑病。但因使用時有較大危險，應在經過活檢及皮膚科醫生確診后使用。